Универзитетот е автономна приватна непрофитна високоoбразовна и научна институција, основан во 2003 година како Факултет за општествени науки. Основач на првиот приватен универзитет во државата е господинот м-р Фијат Цаноски. Во 2007 година, со воведување на нови академски области, станува Прв приватен универзитет-ФОН. Како резултат на значителниот подем во својот развој и големиот интерес за едукација, ФОН-Универзитетот освен во Скопје отвора три диспанзирани одделенија во Струмица, Гостивар и Струга. 

Следејќи ги светските трендови во високото образование, а со цел да се прилагоди на интересот, потребите и барањата на студентите, во 2020 година универзитетот се ребрендира и се преименува во Американски универзитет на Европа-ФОН.